Фамилия Сантамария — случай, когда происхождение лежит на поверхности, но требует оговорки: это не русская фамилия по модели образования, а заимствованная, причём довольно поздняя. Она целиком состоит из двух испанских (или итальянизированных) слов: Santa (святая) и Maria (Мария). Буквально — «Святая Мария». В романском мире такие фамилии возникали как топонимические — по названию церкви, монастыря или города, освящённого в честь Девы Марии. Человек, которого звали Сантамария, скорее всего, был родом из места с таким названием, либо его предок жил при церкви Святой Марии.

В русский контекст фамилия попала, вероятнее всего, через дворянство или интеллигенцию XIX — начала XX века, когда в моде были иноязычные фамилии, особенно после наполеоновских войн и через польское посредничество. В польской шляхетской среде фамилии на -ия встречались часто, и Сантамария могла быть гербовой или приобретённой за заслуги. Но есть и другая, более прозаическая версия: в России фамилию могли дать семинаристам — так называемые «семинарские» фамилии, которые искусственно образовывали от латинских и греческих слов. Будущий священник мог получить фамилию Сантамария просто как красивый латинизированный вариант, без реальной географической привязки.

С точки зрения ударения, в русском языке оно обычно падает на последний слог: Сантамарúя, хотя в оригинале — на первый: Сáнта-Марúя. Суффикса, типичного для русских фамилий (-ов, -ин, -ский), здесь нет, что сразу выдает её нерусское происхождение. Носители этой фамилии в России — явление редкое, и чаще всего это потомки либо поляков, либо людей, получивших фамилию в духовном училище. Если ваш предок носил такую фамилию в Российской империи, стоит искать его в метрических книгах католических приходов или среди выпускников семинарий.