Фамилия Санцаков — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она образована от прозвища или имени Санцак, которое не встречается в святцах. Это указывает на тюркское или монгольское происхождение основы.

Самое вероятное объяснение — связь с тюркским словом «санчак» (или «санджак»). В Османской империи санджаком называли административную единицу, а также боевое знамя, штандарт. Прозвище Санцак могли дать военному, знаменосцу или чиновнику, имевшему отношение к такому управлению. В тюркских языках есть и глагол «санч-» — «втыкать, вонзать», что могло относиться к человеку с колющим оружием или резкому по характеру. Менее вероятна, но возможна связь с монгольским «санцаг» — «мешок, сумка», тогда прозвище могло указывать на торговца или путешественника.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, что типично для фамилий, появившихся в среде, где русский язык был государственным, а носители — из тюркоязычных народов. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Санца́ков.

Встречается фамилия преимущественно в регионах, где исторически был контакт славянского и тюркского населения: на Северном Кавказе, в Поволжье, в Сибири. Сословно предки могли быть казаками, крестьянами или служилыми людьми «по прибору», принявшими православие и получившими фамилию по прозвищу. О точном времени появления фамилии судить сложно из-за её редкости, но можно предположить, что окончательно она закрепилась не ранее XVII–XVIII веков.