Фамилия Сапанусь — редкий случай, когда корень ясен, а суффикс ставит в тупик. Основа «сапан» легко читается как тюркское заимствование: в южнорусских и украинских говорах «сапан» означало либо неуклюжего, мешковатого человека (от глагола «сапать» — тяжело дышать, пыхтеть), либо, что вероятнее, было прозвищем, образованным от названия орудия труда — сапы (мотыги). Сапой в южных регионах рыхлили землю, и «сапаном» могли прозвать земледельца, работающего мотыгой, или человека с грубой, «мотыжной» походкой.

Самое интересное в фамилии — окончание «-усь». Это не типичный русский суффикс. В украинской и белорусской ономастике окончание «-усь» (как в фамилиях Грицусь, Михусь) указывает на уменьшительно-ласкательную форму от имени: Иван → Иванусь, Григорий → Грицусь. Но здесь основа не имя, а прозвище. Вероятнее всего, фамилия Сапанусь возникла в западнорусских или украинских землях, где прозвища могли «обрубать» до ласкательной формы: Сапан → Сапанусь. То есть исходное прозвище «Сапан» (мотыжник, тяжелодум) превратили в фамилию, добавив характерный для тех мест ласкательный суффикс, смягчающий грубоватый смысл.

Вторая, менее правдоподобная версия — что «Сапанусь» это искажённая форма от «Сопанусь» (от «сопеть»), но тогда фамилия писалась бы через «о». Встречаемость фамилии крайне низкая, и в исторических документах она не зафиксирована в дворянских родословных. Скорее всего, носители Сапанусь — потомки крестьян или казаков из западных областей Украины или Беларуси, где прозвищные фамилии на «-усь» были в ходу у простого люда.