Фамилия Сапитоненко — характерный пример фамилий на -енко, которые массово формировались на украинских землях в XVI–XVIII веках. Модель проста: к основе, чаще всего прозвищу или мирскому имени, добавляли суффикс -енко, означавший «сын» или «потомок». То есть Сапитоненко — буквально «сын Сапитона» или «потомок Сапитона». Вопрос упирается в то, что такое «Сапитон».

Прямого канонического имени Сапитон в православных святцах нет. Скорее всего, это народная, диалектная форма какого-то другого имени. Самая вероятная версия — искажённое Савватий или Савва. В южнорусских и украинских говорах имя Савва (святой Савва Освященный, Савва Сторожевский) могло перейти в Сапа, а затем с суффиксом -итон (по аналогии с греческими именами вроде Дорофей — Дорофитон) дать Сапитон. Встречаются и более простые объяснения: Сапитон могло быть прозвищем, образованным от глагола «сапить» — тяжело дышать, пыхтеть, или от диалектного «сапа» — мотыга, тяпка. В таком случае прозвище Сапитон дали бы человеку с шумным дыханием или крестьянину, работающему мотыгой.

Суффикс -енко, образующий фамилию, однозначно указывает на украинское происхождение рода. По географии бытования фамилия Сапитоненко встречается преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани и в других регионах России. Сословная принадлежность носителей, скорее всего, была крестьянской или казачьей: фамилии на -енко в массе своей закрепились за непривилегированными слоями населения.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Сапитон, Сапитонов, Сапитоненков) показывает, что Сапитоненко — самая «чистая» украинская форма, без русификации окончания. Встречающиеся варианты написания с одной «т» (Сапиноненко) или с заменой «о» на «а» (Сапитаненко) — результат местных говоров или ошибок писцов.