Фамилия Сапожинец почти наверняка рассказывает о том, откуда родом был её первый носитель. В основе лежит не профессия сапожника, как можно было бы подумать, а название населённого пункта Сапожино. Такие сёла и деревни встречаются на территории современной Украины, в частности в Полтавской области, а также в России. Человека, переехавшего из Сапожина, земляки могли прозвать Сапожинцем — по типичной для славянских фамилий модели «название места + суффикс -ец», которая указывает на выходца оттуда. Тот же принцип мы видим в фамилиях типа Ростовцев или Казанцев.

Само название Сапожино, скорее всего, произошло от нарицательного «сапог». Это могло быть связано с особенностями местности — например, формой речной излучины или оврага, напоминавшей голенище, — либо с тем, что в этих краях жил или торговал обувью человек, чьё прозвище закрепилось за селом. Однозначно сказать сложно, но топонимическая версия выглядит убедительнее, чем предположение о прямом прозвище от слова «сапог»: слишком уж распространена модель образования фамилий от географических названий.

Исторические источники подтверждают бытование этой фамилии в украинско-русском пограничье. В документах упоминается Афанасий Денисович Сапожинец, родившийся в 1880 году в Черниговской губернии. Это согласуется с географией топонимов: Черниговщина находится по соседству с Полтавщиной, где расположено одно из Сапожино. Таким образом, фамилия, скорее всего, закрепилась в среде крестьянства и мещанства, а её носители разошлись по разным губерниям, сохранив в роду память о малой родине предка.