Фамилия Сацердотов — редкий случай, когда русская фамилия образована напрямую от латинского слова, а не через греческое или церковнославянское посредничество. В основе лежит латинское sacerdos (родительный падеж sacerdotis) — «жрец», «священнослужитель». В русском языке это слово прижилось в форме «сацердо́с» или «сацердо́т» для обозначения языческого жреца, но в церковном контексте его практически не использовали: православного священника называли «иерей» или «поп».

Модель образования — типичная для русских фамилий второй половины XIX века: основа на твёрдый согласный плюс суффикс принадлежности -ов. Суффикс указывает на того, чьим сыном, внуком или слугой был носитель. То есть Сацердотов буквально значит «сын Сацердота» или «принадлежащий Сацердоту». Но «Сацердот» — это не имя, а прозвище, причём книжное, а не уличное. Такие прозвища давали в духовных училищах и семинариях: ученикам, отличавшимся благочестием или, наоборот, получившим шутливую кличку за любовь к латыни.

Фамилия почти наверняка семинарская. В XVIII–XIX веках в духовных академиях было принято «переводить» фамилии на латынь или греческий, а затем русифицировать их с помощью русских суффиксов. Например, Попов мог стать Сацердотовым, а Богословов — Теологовым. Второй вариант происхождения — искусственная фамилия, данная выпускнику семинарии при рукоположении, чтобы подчеркнуть его учёность и связь с классическим образованием.

Географически фамилия тяготеет к центральным губерниям России, где были сильны духовные школы: Владимирская, Ярославская, Костромская, Московская. Встречается она крайне редко — это штучный случай, а не массовая фамилия. В советское время носители могли сменить её из-за явного церковного звучания, поэтому сегодняшние Сацердотовы — почти всегда потомки священнослужителей, сохранившие редкую фамилию как семейную реликвию.