Фамилия Саубянова — женская форма, а мужская, Саубянов, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность или родство. Основа здесь — прозвище или имя Саубян. Это редкая фамилия, и её происхождение стоит искать в тюркских или кавказских языках, где корень «сауб» или «сау» может означать «здоровый», «чистый», «правильный» (ср. арабское «сахиб» — господин, владелец, или татарское «сау» — здоровый). В таком случае Саубян — это человек, которого прозвали за крепкое здоровье, благополучие или за то, что он был хозяином, владельцем чего-то.

Вероятнее всего, фамилия имеет географическую привязку к Поволжью, Уралу или Северному Кавказу, где распространены тюркские и иранские заимствования. Встречается она редко, что говорит о локальном бытовании: возможно, предки носителя фамилии были выходцами из татарских, башкирских или ногайских родов, а затем фамилия русифицировалась через добавление окончания -ов. Могло быть и так, что Саубян — это искажённое имя Субхан (арабское «слава», «хвала»), распространённое у мусульманских народов, но с утратой «х» и адаптацией к русскому произношению.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов присоединили к основе Саубян, которая сама могла быть образована от личного имени с помощью тюркского уменьшительного аффикса -ян (как в именах Ахметжан, Ильясжан). Таким образом, фамилия изначально отвечала на вопрос «чей?» — сын или потомок Саубяна. Социальный контекст, скорее всего, крестьянский или мещанский, без дворянского корня, поскольку фамилии на -ов от тюркских основ в XIX веке массово получали бывшие государственные крестьяне и однодворцы южных и восточных губерний. Точных сведений о датах или известных носителях нет — фамилия остаётся малочисленной и локальной.