Фамилия Сайбанов — редкий случай, когда тюркская основа и русский суффикс сплелись воедино, но происхождение корня неочевидно. Скорее всего, в основе лежит тюркское личное имя или прозвище Сайбан. В тюркских языках, особенно в казахском, башкирском и татарском, слово «сай» может означать «чистый», «отборный», «лучший», а «бан» (или «бек» в упрощённой форме) — «господин», «князь». Таким образом, Сайбан могло быть именем-пожеланием «чистый господин» или «лучший из знатных». Однако есть и другая, более прозаичная версия: в некоторых диалектах «сайбан» — это «скотный двор» или «загон для скота», что могло превратиться в прозвище пастуха или владельца скота.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий: от имени или прозвища отца. Сайбанов буквально означает «сын Сайбана». Такие фамилии массово закрепились за тюркскими народами в XIX — начале XX века, когда Российская империя проводила переписи и учет населения. Обычно их давали по отцу, без учета сословной принадлежности — Сайбановыми могли быть и крестьяне, и казаки, и мелкие служилые люди.

Географически фамилия тяготеет к регионам смешанного русско-тюркского населения: Оренбургская область, Башкортостан, Татарстан, а также Казахстан. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении — возможно, от конкретного человека или небольшого рода. В отличие от массовых фамилий на -ин (от основ на -а/-я), форма на -ов здесь стандартна для тюркских основ, оканчивающихся на согласный.

Стоит отметить, что в некоторых тюркских языках существует слово «сайбан» как вариант «сабан» (плуг), но это скорее случайное созвучие — маловероятно, что фамилия связана с земледелием, так как в этом случае ожидалась бы форма Сабанов. Таким образом, наиболее убедительная версия — происхождение от имени-прозвища Сайбан, которое могло нести как благородный, так и бытовой оттенок.