Фамилия Сайдыханов — яркий пример того, как имя, прозвище и восточное происхождение сплелись в одну русскую фамилию, оформленную по стандартной модели. Её основа — сложносоставное имя или прозвище Сайдыхан, которое разбивается на две части: «Сайд» и «хан».

Первая часть, «Сайд», восходит к арабскому «саййид» — господин, повелитель, почётный титул потомков пророка Мухаммеда. В тюркских языках, особенно у татар, башкир, казахов, это слово давало множество имён (Сайфутдин, Сайдаш). Вторая часть — «хан» — тюркский титул верховного правителя, также часто становилась компонентом личных имён (например, Ахметхан, Ильхан). Сращение «Сайдыхан» буквально означает «господин-хан» или «почтенный хан» — не столько реальный титул, сколько пожелание величия и уважения.

Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе «Сайдыхан» добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Сайдыханов, то есть сын Сайдыхана). Суффикс -ов здесь самый распространённый в русском ономастиконе, но для тюркских имён он типичен: так адаптировались имена, не имевшие славянского окончания. Интересно, что ударение в фамилии большинство носителей ставят на второй слог — СайдЫханов, хотя в самом имени СайдыхАн ударение падает на последний слог.

Географически фамилия привязана к Волго-Уральскому региону и Западной Сибири, где исторически компактно живут татары и башкиры. Встречается также у казахов и узбеков, но в их среде чаще сохраняется форма Сайдыханов или Сайдыханов (с вариантом написания через «а»). В русских метрических книгах XIX века фамилия фиксируется у торговых крестьян и мещан из Оренбургской, Уфимской и Казанской губерний — то есть предки носителей не были ни кочевой знатью, ни духовенством, а скорее относились к зажиточному посадскому населению.

Редкость фамилии в том, что её основа не превратилась в усечённый вариант (вроде Сайдов или Ханов), а сохранила двусоставную структуру. Это говорит о том, что имя Сайдыхан воспринималось как цельное, а не как соединение двух отдельных титулов. Если сравнивать с однокоренными, то Сайдыханов стоит в одном ряду с Сайфуллиными и Ханнановыми, но с более прозрачной этимологией: «господин» и «правитель» в одном имени — редкое сочетание даже для восточной антропонимии.