Фамилия Сайджанов — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с восточными, преимущественно тюркскими и иранскими, корнями. В основе фамилии лежит личное имя Сайджан, которое состоит из двух частей. Первая часть, «Сайд», восходит к арабскому «Саид» (счастливый, господин, благородный) — популярному имени в мусульманском мире. Вторая часть, «джан», — это персидское слово, означающее «душа», «жизнь» или употребляемое как ласковое обращение («дорогой»). Таким образом, имя Сайджан можно перевести как «счастливая душа» или «господин души» — составное имя с положительной, даже поэтической окраской.

Словообразовательная модель фамилии типична для русификации восточных имён: к основе Сайджан добавили русский патронимический суффикс -ов. В языках народов Средней Азии (узбеков, таджиков, туркмен) имена с компонентом «джан» очень распространены, и при переселении в Российскую империю или СССР такие фамилии часто оформляли по русскому образцу. Если бы фамилия не подверглась русификации, она могла бы звучать как Сайджанов, Сайджани или вовсе остаться без суффикса — просто Сайджан.

Географически фамилия Сайджанов встречается в основном у народов, традиционно исповедующих ислам и говорящих на тюркских или иранских языках: у таджиков, узбеков, уйгуров, а также у татар и башкир. В России её можно встретить в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также в среде среднеазиатских диаспор. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образуются от основ на -а/-я, суффикс -ов здесь указывает на то, что исходная основа (Сайджан) в русском языке воспринималась как твёрдая, мужская.

В ономастических справочниках, например в работах А. Суперанской, отмечается, что фамилии с корнем «Саид» очень многочисленны (Саидов, Саидиев), но добавление компонента «джан» делает фамилию заметно более редкой и конкретной. Носитель фамилии Сайджанов может с большой вероятностью предположить, что его предок носил имя Сайджан — вероятно, это был человек, которого в семье или в общине ласково называли «дорогим господином» или «счастливой душой». Никаких данных о принадлежности к конкретному дворянскому роду или известном купечестве нет — это фамилия, возникшая в народной среде.