Фамилия Сайханова происходит от мужского имени Сайхан, которое переводят с восточных языков как «добрый, красивый хан». Имя это составное: первая часть «сай» в тюркских наречиях означает «хороший, добрый, красивый», а вторая — «хан», то есть правитель. Вряд ли родители, называя сына Сайханом, всерьёз прочили ему трон и власть над государством. Скорее это было пожелание: чтобы мальчик вырос уважаемым человеком, «ханом» в своей семье и общине, чтобы жизнь его сложилась богато и достойно.

Имя Сайхан фиксировали среди казанских татар, что указывает на возможные корни рода в Поволжье. При этом фамилия образована по стандартной русской модели — притяжательным суффиксом -ов, который добавляли к основе, заканчивающейся на согласный. Форма Сайханова — женская, мужской вариант пишется как Сайханов. Такая схема типична для фамилий, которые возникали в смешанной среде, где тюркские имена адаптировались под русскую грамматику при оформлении документов.

Сам процесс закрепления фамилий у татар и других народов Российской империи растянулся на несколько столетий. Точное время и место, где именно предки носителей фамилии получили её в официальных бумагах, без генеалогических изысканий назвать нельзя. Но сам факт, что фамилия сохранила древнее имя без изменений, говорит о том, что родоначальник был человеком заметным, имя которого не переделали на русский лад и не заменили прозвищем.

Интересно, что фамилия Сайханова встречается реже, чем однокоренные Сайфуллины или Сайфиевы, что делает её более локальной. Возможно, род долго жил в одном регионе, и фамилия не распространилась широко. Для потомков это скорее плюс: такое имя легче проследить в архивных записях, чем массовые фамилии.