Фамилия Сайханов — одна из тех, что не сразу раскрывает своё происхождение, потому что её основа неочевидна для русского уха. На первый взгляд она кажется тюркской, и это верное направление. Ключ к разгадке — в суффиксе -ов, который указывает на обрусевшую форму фамилии, а корень «Сайхан» восходит к личному имени или прозвищу.

Самая вероятная версия — фамилия образована от мужского имени Сайхан, распространённого у тюркских народов (татары, башкиры, казахи, ногайцы). Имя это составное: «сай» может означать «выбирать», «отборный», а «хан» — титул правителя. Вместе имя Сайхан часто толкуют как «избранный хан» или «достойный хана». Со временем имя закрепилось за основателем рода, а его потомки получили фамилию Сайхановы — по стандартной русской модели «чей?» (чей сын? — Сайханов).

Менее распространённая, но возможная версия — связь с тюркским словом «сай» в значении «галька», «мелкий камень» или «сухое русло реки». В этом случае Сайхан могло быть прозвищем человека, жившего у такого русла, или того, кто добывал камень. Однако эта гипотеза слабее: прозвища с таким корнем редки, и имя Сайхан как личное встречается гораздо чаще.

Фамилия Сайханов не входит в число самых распространённых русских фамилий, но её носители встречаются в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Астраханской областях — регионах с исторически сильным тюркским влиянием. Встречаются и варианты написания, например Сайханов с ударением на последний слог, что тоже указывает на нерусское происхождение основы.

Социальный контекст фамилии типичен для многих тюркских родов, которые в XIX — начале XX века переходили на оседлый образ жизни и получали фамилии по отцу. Сайхановы могли быть и крестьянами, и мелкими торговцами, и служилыми людьми — точных данных о сословной принадлежности нет, но фамилия не несёт признаков дворянского происхождения (отсутствие приставки и редкая основа). Таким образом, фамилия Сайханов — это «паспорт» рода, чей предок носил имя или прозвище Сайхан, и со временем оно закрепилось за его потомками в русифицированной форме.