Фамилия Сафханов — редкий пример, где тюркское имя и арабский корень соединились через русский суффикс принадлежности. Основа здесь — мужское личное имя Сафхан, которое состоит из двух частей: «саф» (араб. صف — чистый, ясный, искренний) и «хан» (тюрк. — властитель, князь). В сумме имя можно перевести как «чистый правитель» или «искренний хан». Такие составные имена были популярны у татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья, где исламские корни смешивались с тюркской титулатурой.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий: «Сафханов» буквально значит «сын Сафхана» или «из рода Сафхана». В XIX — начале XX века, когда у многих нерусских народов империи формировались фамилии, русские чиновники и писцы часто добавляли окончание -ов к тюркским именам, чтобы унифицировать документы. Поэтому Сафхановы — это, скорее всего, потомки человека по имени Сафхан, жившего в среде татар-мишарей, башкир или казахов, но волею судеб получившего русскую фамильную форму.

Географически фамилия тяготеет к Оренбургской, Челябинской областям и Башкортостану — регионам, где веками жили тюркские народы, а в метрических книгах и ревизских сказках фиксировали фамилии по отчеству. Встречается и вариант Сафхановых среди казанских татар, но реже. Интересно, что вторая часть имени — «хан» — в бытовой среде не обязательно означала реального правителя: у татар и башкир «хан» могло быть просто уважительной частью имени, как «бек» или «мирза».

В русском языке фамилия сохранила твёрдое произношение с ударением на втором слоге: Сафха́нов. Если бы она образовывалась от прозвища «Сафхан» (например, человека, который торговал сафьяном — выделанной кожей), то писалась бы через «ьян» — Сафьянов. Но здесь именно имя, и это снимает путаницу. Прямых аналогов среди других фамилий немного: Сафаров, Сафин — того же корня «саф», но без ханского титула.