Фамилия Сайлауханова, как и её мужская форма Сайлауханов, имеет прозрачную тюркскую этимологию и вряд ли может быть объяснена из русского или славянского языка. Это составное имя-прозвище, которое в основе своей содержит два компонента: «сайлау» и «хан».

Первый корень — «сайлау» — восходит к тюркскому глаголу со значением «выбирать», «избирать» (в казахском, башкирском, татарском языках). Второй компонент — «хан» — титул верховного правителя, князя или повелителя, широко распространённый в кочевых империях Евразии. Таким образом, буквальное значение прозвища Сайлаухан — «избранный хан» или «выборный хан». Вряд ли речь идёт о реальном монархе: скорее, так могли прозвать человека, который пользовался авторитетом в общине, был избран на какую-то должность (старостой, судьёй, главой рода) или просто отличался лидерскими качествами.

Суффикс -ов/-ова в этой фамилии — русский патронимический формант, который добавился при оформлении фамилии по русской модели в XIX–XX веках. В исконной тюркской среде такая фамилия звучала бы как Сайлауханулы (сын Сайлаухана) или Сайлауханкызы (дочь). Переход на русский лад с суффиксом -ов типичен для фамилий народов Поволжья, Казахстана и Средней Азии, особенно при записи в метрических книгах или паспортах Российской империи.

Географически фамилия Сайлауханова чаще всего встречается в Казахстане, а также среди казахской диаспоры. В России она редка и локализована в регионах с большим процентом тюркского населения — например, в Оренбургской, Астраханской областях или в Татарстане. Встречаются и варианты написания: Сайлаухан, Сайлауханов, иногда с удвоением согласных. Фамилия не относится к числу древних аристократических — она вполне бытовая, образованная от личного имени-прозвища, которое давали человеку по его общественной роли.

Если отталкиваться от реалий кочевого общества, предки носителей фамилии могли быть выборными старейшинами или биями (судьями), которые решали споры и управляли аулом. Никакого дворянского сословия за этой фамилией не закреплено — она отражает скорее социальную функцию, чем происхождение.