Фамилия Сайпеева — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основной для поиска, хотя исторически она образована от мужской Сайпеев. Её основа — тюркское мужское личное имя Сайпей (варианты Сайбай, Сайпей). Разбираем по составу: корень «сай» в тюркских языках означает «мелкий гравий», «галька», а в переносном смысле — «дар», «подарок» (ср. казахское «сай» — подарок, гостинец). Вторая часть «пей» или «бай» — «господин», «богач», «хозяин». Таким образом, Сайпей — это «щедрый господин» или «богатый даром». Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Сайпеев буквально значит «сын Сайпея» или «из рода Сайпея».

Фамилия имеет отчетливую географическую привязку. По данным современных телефонных справочников и архивов ЗАГС, носители фамилии Сайпеева (и Сайпеев) сосредоточены в Республике Башкортостан, особенно в северо-восточных районах (Белокатайский, Дуванский), а также в Челябинской области. Это указывает на башкирские или татарские корни, поскольку имя Сайпей характерно для тюркоязычных народов Урало-Поволжья. Встречается и написание Сайпиев — с буквой «и» во втором слоге, что отражает диалектное произношение.

Ономастическая модель типична для русских фамилий, возникших в среде крещёных татар и башкир: тюркское личное имя + русский патронимический суффикс. Никакого отношения к иностранным языкам (вроде английского «site» или «pipe») фамилия не имеет — это чисто народная ойконимическая ошибка при поверхностном взгляде. Вероятнее всего, предки носителя фамилии были крестьянами или служилыми людьми, получившими фамилию по имени отца в XVIII–XIX веках, когда у башкир и татар начался массовый переход на русскую модель фамилий.

Поскольку фамилия редкая и локальная, в дореволюционных дворянских родословных книгах она не фиксируется. Сословная принадлежность предков, скорее всего, была податной — государственные крестьяне или тептяри. В советское время фамилия не менялась и сохранила исходное написание. Сейчас её можно встретить у представителей разных профессий, но наибольшая концентрация остаётся в тех же районах Башкортостана.