Фамилия Себешева женская, её мужской вариант — Себешев. В основе, скорее всего, лежит прозвище или мирское имя, образованное от диалектного слова «себеш» или «себеша». В русских говорах, особенно на северо-западе и в Сибири, «себеш» — это собственный, свой человек, домочадец, а иногда и себялюбивый, замкнутый человек. Второй вариант: в некоторых регионах так называли ленивого, медлительного человека, который всё делает «себе», то есть для себя, не спеша.

Суффикс -ев указывает на притяжательную модель: «чей?» — Себешев, то есть сын или потомок Себеша. Фамилия редкая, встречается в основном на Урале и в Зауралье, что подтверждает её связь с северорусскими говорами, которые распространились с переселенцами. В дореволюционных переписях Себешевы фиксировались среди крестьян и мещан, без связи с дворянством.

Есть и менее вероятная версия: от тюркского имени Себеш или Себиш, где корень «себ» может означать «любовь» или «причина». Но для фамилии, записанной как «Себешев», а не «Себешов», русская основа выглядит убедительнее — ударение и суффикс типичны для исконно русских фамилий от прозвищ на -ша.

Если отбросить версии, остаётся главное: предки носителя фамилии были людьми, которых окружающие прозвали «своим» или, наоборот, «себе на уме». Фамилия не указывает на конкретное ремесло или сословие, зато говорит о характере или поведении, что для русских прозвищных фамилий обычное дело.