Фамилия Себенова — женская форма, её мужской вариант — Себенов. В основе фамилии лежит тюркское имя или прозвище Себен. Скорее всего, оно восходит к древнетюркскому слову «себен» — «радоваться, ликовать». В таком случае прозвище Себен могли дать жизнерадостному, веселому человеку. Встречается и другая версия: в тюркских языках есть слово «себен» со значением «корзина» или «плетенка», что могло указывать на ремесло предка — корзинщика или торговца плетеными изделиями.

Фамилия образована по самой распространенной в русской среде модели — с помощью патронимического суффикса -ов/-ев. Она означает «потомок Себена». Если бы носитель был из северных русских регионов, суффикс был бы -ин (Себенин), но вариант на -ов типичен для южнорусских и поволжских областей, а также для территорий, где русские соседствовали с тюркскими народами.

Географически фамилия Себенова редкая. Основные очаги её бытования — Оренбургская область, Башкортостан и Татарстан. Это указывает на вероятную связь с башкирскими или татарскими корнями. Встречается фамилия и в Казахстане, что неудивительно: в казахском языке есть имя Сейбен, близкое по звучанию.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Себенов не упоминается — это говорит о её локальном и относительно позднем происхождении, скорее всего, не ранее XVIII века, когда активно шёл процесс закрепления фамилий за крестьянами и инородцами. В дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована.

Таким образом, фамилия Себенова — яркий пример тюркско-русского культурного пограничья. Её носители — потомки человека, которого в тюркской среде прозвали за весёлый нрав или за ремесло, а затем, при переходе в русскую административную систему, это прозвище оформили по русской грамматике.