Фамилия Себенеков — один из тех случаев, когда корень слова почти наверняка тюркский, а суффикс — типично русский, что выдаёт историю контакта культур. Основа «себен-» (или «себенек») восходит к тюркским языкам, где sevin- (севин-) означает «радоваться, ликовать». В казахском, башкирском и татарском языках слово «сөбен» или «сөбенек» может обозначать «весёлый», «жизнерадостный» человек, либо же быть личным именем-пожеланием (чтобы ребёнок рос счастливым). Таким образом, Себенеков — это «сын (потомок) Себенека», где Себенек — прозвище или дохристианское тюркское имя.

Словообразовательная модель проста: к основе «Себенек» добавлен русский патронимический суффикс -ов, который в XVI–XVIII веках закрепился как стандартный способ оформления фамилий у многих народов Российской империи, в том числе у крещёных тюрков, башкир, татар и казахов. Окончание -ов, а не -ин, указывает на то, что основа не оканчивалась на -а/-я, и это типично для фамилий, образованных от мужских имён с согласным исходом.

Географически фамилия тяготеет к Южному Уралу и Зауралью. Наибольшая концентрация носителей — в Челябинской области, Башкортостане и Оренбуржье. Встречается также среди башкир и казахов, но в русском написании с окончанием -ов. У самих башкир и татар более архаичная форма могла бы звучать как Себенеков (с тем же суффиксом) или Сөбенәков.

Стоит упомянуть одну тонкость: в некоторых тюркских диалектах слово «себен» (сөбен) имеет значение «мыло» — от арабского сабун. Однако такая версия маловероятна для фамилии: прозвища «Мыльный» или «Мыльников» в тюркской среде нехарактерны, а вот имя со значением «радость» — типично. Так что этимология через «веселье» гораздо правдоподобнее.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Себенеков стоит в одном ряду с Себеновым, Севиновым, а также с более известной фамилией Севенко (украинский вариант). Все они восходят к одному корню sev- со значением «любить, радоваться». Разница лишь в суффиксах и региональной адаптации.

Таким образом, предки Себенековых, скорее всего, были тюркоязычными людьми (башкирами, татарами или казахами), носившими личное имя Себенек, которое давали ребёнку с пожеланием счастливой жизни. После принятия православия или при переходе на русское делопроизводство имя превратилось в фамилию, сохранив память о характере или надежде, которую вкладывали в него родители.