Фамилия Себенкова — женская форма фамилии Себенков, и её разговорное употребление (Себенкова, а не Себенков) сразу указывает на то, что перед нами типично русская фамилия, образованная по патронимической модели с суффиксом -ов. В основе лежит личное имя или прозвище Себенко, которое, в свою очередь, скорее всего, является уменьшительной формой от канонического имени Севастьян или Северин. В народной речи эти имена часто сокращали до основы «Сев-», а затем добавляли уменьшительный суффикс -енк-, характерный для украинского и южнорусского именослова: Сева → Севка → Севенко, а после оглушения звонкого «в» перед глухим «к» — Себенко.

Есть и другая, менее вероятная, но возможная версия: прозвище Себенко могло быть связано с диалектным глаголом «себить» или «себенить», который в некоторых говорах означал «гнуть, клонить, горбиться» или «суетиться, хлопотать». В таком случае прозвище дали человеку с характерной осанкой или суетливому, беспокойному. Однако первая версия — от имени — выглядит убедительнее, так как модель «Сев- → Себенко» встречается в исторических документах, например, в реестрах запорожских казаков XVII века.

Географически фамилия Себенков (и её женский вариант) имеет явные корни в южнорусских и украинских землях, откуда с течением времени распространилась шире. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении: вероятно, родоначальник был жителем конкретной слободы или хутора. В сословном плане носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или однодворцам, так как фамилии на -енко в центральной России чаще всего фиксировались именно за этими категориями, а не за дворянством.

Интересная деталь: фамилия Себенкова может быть ошибочно воспринята на слух как «Себёнкова» (с буквой «ё»), но исторически правильное написание через «е» сохраняет связь с исходным прозвищем. В старых метрических книгах можно встретить варианты «Себенковъ» и даже «Зебенков» — из-за диалектного произношения, где «с» и «з» перед гласными могли смешиваться.