Фамилия Себенцов — редкий случай, когда основа не бросается в глаза даже носителю языка. Самое правдоподобное объяснение: в её основе лежит прозвище Себенец или диалектное слово «себень». В русских говорах, особенно на северо-западе, «себень» — это уклад, повадка, норов или, чаще, упрямый, своенравный человек («упёрся на своём себене»). Тогда Себенец — тот, кто отличается своим нравом, «себе на уме». Фамилия образована по стандартной патронимической модели: от прозвища Себенец через суффикс принадлежности -ов (Себенцов буквально — «сын Себенца»).

Версия с тюркским корнем (от «себен» — «радоваться») менее убедительна: для русских фамилий характернее бытовая, «обиходная» основа, а не заимствованное абстрактное понятие. Также маловероятна связь с «себя» — в русском языке от местоимений прозвища почти не образуются, а фамилии вроде Себякин — единичны и имеют другую природу.

Суффикс -цов в окончании (а не -цев) — важная деталь. Он указывает на севернорусское или, реже, сибирское происхождение. В говорах на месте этимологического «е» перед твердым «ц» произносили «о»: Себенец → Себенцов, а не «Себенцев». Если бы фамилия возникла в центральных или южных областях, мы бы имели вариант Себенцев. Эта фонетическая черта — единственная зацепка для географии: предки носителя фамилии жили, скорее всего, в Архангельской, Вологодской или Вятской губерниях.

Фамилия недворянская и нестарая: она не встречается в боярских списках и родословных книгах XVII века. Скорее всего, она оформилась в среде государственных крестьян или посадских людей не раньше XVIII столетия, когда фамилии стали фиксироваться массово. Сегодня она остается редкой — по переписям, основные носители живут в Пермском крае и Кировской области, что косвенно подтверждает северную версию происхождения.