Фамилия Себенков образована по одной из самых распространённых в России моделей: основа плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей сын?» — Себенков). Но вот с самой основой всё не так очевидно.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Себенок (или Себенко), которое давали человеку по какой-то характерной черте или занятию. Самое вероятное объяснение — связь со словом «себенить» в диалектах. В ряде русских говоров, особенно на юге и западе, «себенить» означало «делать что-то для себя, в свою пользу», «своевольничать», «упрямиться». Отсюда «себеня» — человек, который всё тянет на себя, себе на уме, или, наоборот, хозяйственный, рачительный. Прозвище могло закрепиться за тем, кто отличался самостоятельностью или даже эгоизмом.

Менее вероятная, но допустимая версия — происхождение от тюркского имени Себен (или Себенбек), что значит «любимый», «радостный». Такие имена встречались у татар и башкир. В этом случае фамилия могла появиться в среде служилых татар, перешедших на русскую службу, или в купеческой среде. Однако суффикс -ов скорее указывает на русскую, а не татарскую модель образования (у татар чаще -ин или -ев), поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Фамилия Себенков — редкая. Она не встречается в списках столбового дворянства или известных купеческих династий. Скорее всего, её носители — потомки крестьян или однодворцев из южнорусских областей. В современных справочниках фамилия фиксируется в Курской, Белгородской и Воронежской областях, что косвенно подтверждает диалектную версию происхождения.

Интересно, что фамилия не имеет «календарного» корня (не от церковного имени), а значит, её носитель в первом поколении был прозван по личному качеству или поведению. В этом её отличие от массы фамилий, образованных от крестильных имён.