Фамилия Себешко звучит на украинский или белорусский лад — суффикс -ко типичен для этих земель и указывает на происхождение с территории современной Украины или юго-запада Беларуси. В польском языке тоже встречается похожая модель, так что не исключено и влияние Речи Посполитой.

Основа фамилии — корень «Себеш-». Скорее всего, это производное от личного имени Себеш, которое могло быть народной формой христианского имени Севастьян (через Севастьян → Севаш → Себеш) или от польского Sebastian. В украинской и белорусской традиции имя Севастьян нередко сокращали до Себеш, а суффикс -ко добавляли, чтобы образовать фамилию по отчеству: «сын Себеша». То есть Себешко — это буквально «маленький Себеш» или «потомок Себеша».

Менее вероятна, но возможна версия от прозвища, связанного с глаголом «себе» (в значении «для себя») — так могли назвать человека себе на уме, экономного или замкнутого. Однако для фамилий с суффиксом -ко типичнее именно патронимическое образование от имени, а не от нарицательного слова.

Географически фамилия редкая и встречается в основном в западных областях Украины (Волынь, Подолье) и в приграничных районах Беларуси. В России она почти не фиксируется, что подтверждает её западнорусское происхождение. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или казакам — в шляхетских гербовниках она не значится.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Себеш, Себешев, Себешко — то вариант на -ко самый характерный для региона. В польском языке существовала бы форма Себешкевич, но в украинской среде прижился более короткий вариант.