Фамилия Сеешко — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, звукоподражание или детская речь. Первое, что бросается в глаза — белорусский или украинский суффикс -ешк-, который характерен для фамилий, образованных от прозвищ с уменьшительно-ласкательным или пренебрежительным оттенком. В польском языке этому соответствует суффикс -eszko, что тоже указывает на западные или юго-западные земли бывшей Речи Посполитой.

Самая вероятная версия — происхождение от глагола «сеять» (укр. сiяти, бел. сеяць). Но не в прямом смысле «земледелец», а как прозвище человека, который что-то разбрасывает, рассыпает, возможно, неаккуратного или щедрого до расточительства. Однако есть и другая, более живая гипотеза: основа «се-» может быть детским лепетом или звукоподражанием — например, так могли называть ребёнка, который постоянно «сеекает» (сюсюкает, шепелявит), или взрослого с похожей манерой речи. В ономастике такие прозвища от физиологических особенностей — не редкость.

Фамилия явно недворянская, скорее крестьянская или мещанская, и географически привязана к Гродненской, Минской или Волынской губерниям. В дореволюционных метрических книгах Сеешко встречаются эпизодически, чаще всего в униатских приходах. В современной России фамилия крайне редкая, основная масса носителей живёт в Беларуси и на западе Украины.

Если сравнивать с однокоренными — Сеялка, Сеянец, Сеев — то у Сеешко самый редкий суффикс, что делает её особенно ценной для локальной генеалогии. Споров о происхождении немного: альтернативная версия с литовским корнем (от «sėti» — сеять) не выдерживает критики, так как суффикс однозначно славянский.