Фамилия Себежко звучит так, будто её носитель родом из определённого места. И это первое, что приходит на ум при разборе: в её основе лежит топоним — город Себеж на юге Псковской области. Суффикс -к-о типичен для украинских и белорусских фамилий, образованных от географических названий. По этой же модели возникли, например, Полтавко или Черкасско. Таким образом, предок человека с фамилией Себежко мог быть выходцем из Себежа или его окрестностей — либо переехал оттуда и получил прозвище «Себежский», которое со временем сократилось и обросло типичным для восточнославянских земель окончанием.

Впрочем, есть и другой, менее очевидный путь. В псковских и новгородских говорах слово «себеж» могло означать нечто личное, «своё», но эта версия слабая и не подтверждается диалектными словарями. Куда правдоподобнее, что фамилия — типичный «выезжий» вариант, когда человека называли по месту, откуда он пришёл. Себеж — древний город, известный с XV века, стоявший на границе с Литвой, и такие фамилии-указатели были распространены среди крестьян и мещан, переселявшихся в другие губернии.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Себе́жко. Это характерно для производных от названий с ударением на последний слог (Себе́ж). Встречается фамилия преимущественно на северо-западе России, а также в Беларуси и на востоке Украины — там, куда мигрировали жители псковских земель в XVII–XIX веках.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком: суффикс -к-о в сочетании с топонимом встречается реже, чем привычные -ов или -ский. Это сразу выделяет её из ряда «книжных» фамилий вроде Себежского, которые давали в семинариях. Себежко — вариант народный, бытовой, возникший в речи, а не в канцелярии.