Фамилия Седукин образована от прозвища или нецерковного имени Седука. В основе лежит диалектное слово «седу́ка» — так в некоторых русских говорах называли человека, который постоянно сидит, малоподвижного, домоседа. Слово связано с глаголом «сидеть» и его вариантом «седеть» (ср. «сидун», «седун» в том же значении). Таким образом, прозвище Седука давали либо медлительному, либо очень усидчивому человеку, который редко покидал дом или рабочее место.

Фамилия строится по простой модели: основа Седук- плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Буквально «сын Седуки». Это типичная патронимическая фамилия, распространённая в центральной России и Поволжье. Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от основ на -а, -я (ср. Пушкин, Ильин), в отличие от -ов/-ев для основ на согласный.

Интересная деталь: фамилия Седукин могла возникнуть независимо в нескольких регионах, так как слово «седука» бытовало в разных говорах. Встречаются варианты написания — Седухин, Сидукин. Последний вариант, с «и» в корне, ближе к литературному произношению (от «сидеть»), но в фамилии закрепилась более архаичная форма с «е» — «седеть».

Сравните с однокоренными фамилиями: Седунов (от «седун»), Седачёв. Все они указывают на ту же черту характера или образ жизни предка. В отличие от фамилий, образованных от занятий (Кузнецов, Плотников), Седукин — «характерологическая» фамилия, то есть описывающая личность. Такие прозвища давали не в официальных документах, а в быту, и они могли закрепиться за родом.

В современных справочниках фамилия Седукин встречается нечасто, но стабильно фиксируется в Курской, Воронежской и Ростовской областях. Среди носителей известных исторических личностей нет — это фамилия, которая осталась в крестьянской и мещанской среде, не попав в дворянские родословные книги.