Фамилия Сеёпина — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно. Сразу бросается в глаза, что это женская форма фамилии Сеёпин, образованная по стандартной модели: к основе мужской фамилии добавили окончание -а. Вопрос в том, откуда взялась сама основа «Сеёпин».

Скорее всего, в основе лежит прозвище или неканоническое имя Сеёпа. В русских говорах слово «сеять» и его производные имели множество значений, в том числе переносных. «Сеёпа» могло быть прозвищем человека, который постоянно что-то «сеет» — разбрасывает, рассыпает, будь то зерно, деньги или сплетни. В некоторых диалектах «сеять» означало «сильно кашлять» или «чихать», так что прозвище могло закрепиться за человеком с характерным кашлем. Однако более вероятна связь с глаголом «сеять» в значении «просеивать муку» или «засевать поле» — то есть прозвище могло относиться к крестьянину-земледельцу или мельнику.

Суффикс -ин в фамилии Сеёпин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Сеёпин, то есть сын Сеёпы. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я. Фамилия редкая, и её география, скорее всего, локальна — вероятно, она бытовала в северных или центральных губерниях России, где были распространены диалектные формы на -ёпа.

Встречаются и другие фамилии с похожим корнем, например, Сеянов или Сеяков, но Сеёпина стоит особняком из-за необычного гласного «ё» в корне. Это может быть следствием местного произношения или ошибки писаря при записи. В любом случае, носительница фамилии Сеёпина может с уверенностью считать, что её предок получил прозвище по действию или занятию, связанному с сеянием, — скорее всего, это был крестьянин или ремесленник, работавший с зерном.