Фамилия Сегидина — редкий случай, когда основа прозрачна, а суффикс ставит в тупик. В ней нет ни типичного -ов, ни -ин, ни -ский. Окончание -а указывает на женскую форму, а мужской вариант будет Сегидин. Такая модель образования (основа + -ин) в русских фамилиях обычно означает принадлежность: «чей?» — «Сегидин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Сегида.

Корень здесь — Сегид-. Скорее всего, это искажённое или диалектное произношение слова «секида» или «секира». В южнорусских и украинских говорах «секира» нередко звучала как «сокира», а в некоторых местностях с чередованием гласных и упрощением — как «сегида». Прозвище Сегида могли дать либо воинственному человеку, либо тому, кто рубил лес, либо мастеру по изготовлению топоров. Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с тюркским словом «сегид» (восьмой) — такое прозвище давали восьмому сыну в семье, но для русской фамилии это нетипично, а для татарских и башкирских фамилий характерны другие суффиксы.

География фамилии узкая. Основной массив носителей сосредоточен в Белгородской и Воронежской областях, а также на востоке Украины — это как раз зона бытования южнорусских говоров, где «секира» могла превратиться в «сегиду». Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или казацкая: прозвище по ремеслу или оружию было распространено в среде служилых людей и вольных поселенцев.

Интересно, что фамилия не попала в основные ономастические словари, а в документах XVIII–XIX веков встречается с разным написанием: Сегидин, Сегиденко, Сегидченко. Это говорит о том, что она формировалась стихийно, без участия приказных норм, и закрепилась в том виде, в каком её записал местный писарь на слух.