Фамилия Сеиенов — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает исходное слово. Скорее всего, перед нами пример «окающего» произношения, закреплённого на письме: в основе лежит имя или прозвище Сеиен, а тот, в свою очередь, восходит к крестильному имени Семён. В русских говорах, особенно северных и сибирских, «Семён» нередко произносили как «Семеён» или «Сеиён» — с растянутым первым слогом и утратой «м» между гласными. Этот звуковой переход (м > и) встречается в диалектах: «Семён» → «Сеён» → «Сеиен». Форма «Сеиен» — это как раз та самая промежуточная ступень, записанная так, как слышали.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Сеиен добавили патронимический суффикс -ов, то есть «сын Сеиена». Такой способ типичен для фамилий крестьян и мещан, которые оформились в XVIII–XIX веках, когда церковные и светские переписи фиксировали людей по отчеству. Если бы фамилия была более древней, дворянской, она могла бы выглядеть как «Сеиеновский» или сохранить архаичное окончание «-ин».

Есть и альтернативная версия, хотя менее вероятная. В тюркских языках (например, казахском или татарском) существует слово «сеиен» — форма глагола со значением «радоваться», «ликовать». Однако фамилия оформлена русским суффиксом -ов, что говорит о её происхождении в русскоязычной среде. Если бы предок был тюрком, фамилия скорее осталась бы без суффикса (Сеиен) или получила бы другой формант (например, -улы, -оглы). Так что версия с диалектным «Семёном» надёжнее.

Географически фамилия Сеиенов встречается точечно, в основном на Урале и в Сибири — регионах, где окающие говоры были распространены. В центральных областях России её почти нет. Это дополнительно подтверждает, что перед нами не случайная описка, а живая диалектная черта, застывшая в фамилии. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками, и их прозвище — просто искажённое имя, которое закрепилось в документах.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна тем, что сохранила редкий фонетический вариант имени Семён, который в литературном языке не закрепился. Сравните с однокоренными «Семёнов», «Сенин», «Семенюк» — все они прозрачны. Сеиенов же требует лингвистического комментария, что делает её ценной для историков диалектов.