Фамилия Сеиенищев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, нужно разобрать словообразовательную цепочку, и здесь возможны два основных пути.

Первый и наиболее вероятный вариант: основа «Сеиен-» восходит к имени Сеиен (или Сеян). Это могла быть народная форма крестильного имени Севастьян (от греч. «себастос» — «священный, почитаемый»), распространённая в южнорусских и украинских говорах. В таком случае фамилия образована по стандартной модели: имя Сеиен → притяжательное прилагательное «Сеиенев» (чей? — Сеиенев сын) → суффикс -ищев. Суффикс -ищев здесь указывает на принадлежность к роду или на увеличение, но в фамилиях он часто выполнял роль патронимического расширителя, то есть выделял потомка. Получается: «сын Сеиенева», то есть внук или правнук Сеиена.

Второй, менее распространённый вариант: основа могла быть связана с прозвищем Сеённый или Сеянец (от глагола «сеять»). В диалектах «сеянец» — это всходы, молодое растение, а в переносном смысле — ребёнок, отпрыск. Тогда Сеиенищев — это «сын Сеянца», то есть потомок человека, которого прозвали за малорослость, худобу или за то, что он был поздним, «посеянным» ребёнком. Однако суффикс -ищев в этом случае выглядит как наращение, а не прямой патроним, поэтому версия с именем кажется более логичной.

Географически фамилия встречается в основном в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской, Курской и Ростовской областях. Это зона, где были сильны украинские диалектные влияния и где имя Севастьян часто редуцировалось до Сеяна или Сеена. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно встретить формы «Сеенев» и «Сеянов», а «Сеиенищев» — это уже более позднее, «отяжелённое» суффиксом образование, характерное для фамилий, которые фиксировались в письменных источниках уже после отмены крепостного права.

Таким образом, носитель фамилии Сеиенищев, скорее всего, потомок человека по имени Сеиен (Севастьян), а сама фамилия — редкий пример трёхступенчатого патронима, где суффикс -ищев добавлялся к уже готовой фамилии отца, чтобы подчеркнуть родовую линию.