Фамилия Сеиенова — довольно редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить вариант случайной опечатки или искажения при записи, то её корень, скорее всего, связан с тюркскими языками, а не со славянскими. Основа «Сеиен» (или «Сейен») может восходить к тюркскому личному имени или прозвищу, которое, в свою очередь, происходит от слова «сеиен» — «радость», «ликование» в некоторых тюркских наречиях. В таком случае фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который присоединили к основе на -н, дав форму женского рода (Сеиенова как «дочь/жена Сеиена»). Мужской вариант — Сеиенов.

Однако есть и другая, более вероятная версия, если учитывать особенности произношения в южнорусских говорах или среди казачества. Фамилия могла возникнуть как фонетический вариант от более распространённой фамилии Семёнов. В диалектах «Семён» нередко произносили как «Семеен», «Семеян» или «Сеиен» — с редукцией и слиянием гласных. При записи малограмотным писарем или при переписи населения такое «сжатое» произношение могли зафиксировать буквально как «Сеиенов». Это объясняет её редкость: это не самостоятельный корень, а локальное ответвление от фамилии, образованной от крестильного имени Симеон (в народной форме Семён).

Географически фамилия Сеиенова встречается единично, преимущественно на юге России — в Ростовской области, Краснодарском крае, а также среди казахского и татарского населения, где имя «Сейен» (Сейін) действительно существует как самостоятельное. В славянской среде, напротив, это почти наверняка искажённый вариант Семёнова. Определить точное происхождение для конкретного носителя можно только по семейной истории и региону: если предки — донские или кубанские казаки, скорее всего, корень в имени Семён; если же корни уходят в Среднюю Азию или Поволжье — в основе лежит тюркское слово «радость».