Фамилия Сеина — наглядный пример, как одна буква в суффиксе меняет историю фамилии. В русской традиции фамилии на -ин обычно образуются от основ, заканчивающихся на -а или -я (Петров — Пётр, но Ильин — Илья). Сеина — типичная «матрешечная» фамилия: её основа не имя Сей, а женское прозвище или имя Сея.

Корень здесь — глагол «сеять» или существительное «сев». В древнерусском языке «сея» могли называть крестьянина-земледельца, но чаще — рассеянного, невнимательного человека («сеять» в переносном смысле — разбрасывать, терять). В псковских и новгородских говорах «сея» означало ещё и «сито» — отсюда прозвище мог получить ремесленник, делавший сита, или просто обладатель характерной внешности (веснушчатый, «как сквозь сито»).

Самое интересное — фамилия Сеина почти всегда женская по форме, но в основе лежит мужское прозвище Сея. Это нередкий случай, когда фамилия закрепилась за родом через имя женщины-основательницы, но в официальных документах XVII–XVIII веков её записали в «сыновней» форме: «Сеин сын» → Сеин, а затем, по аналогии с другими фамилиями на -ин, появился и женский вариант Сеина. Встречаются обе формы: мужская Сеин и женская Сеина, но в современном употреблении Сеина чаще воспринимается как фамилия женщины.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России: Новгородская, Псковская, Тверская области, а также к старообрядческим поселениям на Урале. В этих краях «сея» как прозвище было распространено именно в значении «сито» — из-за местного промысла по изготовлению решёт. В южнорусских областях фамилия встречается реже и там её корни, вероятно, связаны с именем Сей — краткой формой от Севастьян или Семён, но это менее вероятно: суффикс -ин при таком имени дал бы Севин или Семёнов.

Ономасиологически Сеина стоит в одном ряду с фамилиями Веялкин, Ситов, Решетов — все они указывают на занятие или бытовую деталь крестьянского хозяйства. Никакого дворянского или купеческого следа у этой фамилии нет: предки Сеиных — пахари, ремесленники, возможно, вольные хлебопашцы на общинных землях.