Фамилия Секелин — редкий случай, где географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Её основа — топоним, а не личное имя или ремесло. С большой долей вероятности, предок носителя этой фамилии происходил из населённого пункта с названием Секеля (или Секелино). Такие топонимы встречаются в западных и южных регионах бывшей Российской империи, особенно на Украине и в Белоруссии, где слово «секель» или «секеля» могло означать либо «секира» (топор), либо — в диалектах — «отрубок», «обрубок дерева». То есть название деревни могло указывать либо на лесное поселение, где рубили лес, либо на место, названное по первой избе или починку.

Суффикс -ин указывает на модель образования от топонима на -а/-я: Секеля → Секелин (чей? — сын человека из Секели). Это классическая притяжательная форма, характерная для фамилий, возникших из прозвищ по месту жительства. Если бы основа кончалась на согласный, мы бы видели Секелев, но здесь именно -ин, что подтверждает женский род исходного названия.

Менее вероятная, но возможная версия — от прозвища Секеля, которое давали либо рубщику леса (от «сечь»), либо человеку с грубой, «обрубленной» внешностью или характером. Однако в таком случае фамилия была бы более распространена, а она — редкая, что склоняет чашу весов в пользу топонимической гипотезы. В официальных документах XVIII–XIX веков фамилия могла фиксироваться с вариациями: Секилин, Секалин, но форма Секелин — наиболее устойчивая, с сохранением мягкого [к’] в корне.

Сословная принадлежность предков не поддаётся однозначному определению — носители фамилии могли быть как крестьянами из одноимённого села, так и мещанами или казаками, если топоним находился в Малороссии или на Дону. Поскольку фамилия недворянская, гербовых родов под этой фамилией нет, и в списках служилого дворянства она не встречается. В современной России Секелины — редкость, чаще всего их можно встретить в Центральном и Южном федеральных округах, что косвенно подтверждает миграцию с запада или юга страны.