Фамилия Секербаев образована по тюркской модели с помощью патронимического суффикса -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный. Основа — Секербай, где «бай» — распространенный в тюркских языках титул, означающий «господин», «богач», «хозяин». Первая часть, Секер, восходит к слову «секер» (в некоторых тюркских языках — «сахар»). Скорее всего, это не прямое указание на сладость, а прозвище человека с мягким, приятным характером или, по другой версии, имя-оберег, данное, чтобы жизнь ребенка была «сладкой».

Фамилия имеет отчетливые казахские и киргизские корни. В казахском языке имя Секербай (или Шекербай) встречается как личное имя, образованное от арабского «шекер» (сахар) с добавлением «бай». Суффикс -ев в фамилии Секербаев указывает на то, что фамилия русифицирована в XIX–XX веках, когда при записи в метрические книги или советские документы к тюркским именам добавляли русские окончания. В самой казахской среде фамилия могла бы звучать как Секербайұлы (сын Секербая).

Географически фамилия Секербаев наиболее распространена в Казахстане, особенно в южных областях, а также среди казахов, проживающих в России (Оренбургская, Астраханская области). Встречается и в Киргизии, но реже.

Интересная деталь, отличающая эту фамилию от многих других: в ней нет традиционного для русских фамилий суффикса принадлежности (-ин, -ов), а есть суффикс, прикрепленный к полному имени, а не к прозвищу или профессии. Это указывает на то, что предок носителя фамилии был известен под именем Секербай, а не под каким-то профессиональным прозвищем. Вероятно, он был рядовым скотоводом или земледельцем, так как титул «бай» в народной среде часто давали не столько за богатство, сколько за уважение и хозяйственность.