Фамилия Секидин образована от прозвища или имени Секида. В основе лежит древнерусское слово «секира» — боевой топор, но не стоит торопиться с выводами о воинственном предке. Скорее всего, прозвище Секида получил человек, который занимался рубкой леса, изготовлением топоров или торговал ими. В говорах «секидой» могли называть не только самый топор, но и упрямого, резкого человека — того, кто «сечёт» правду-матку или рубит сплеча.

Фамилия построена по древнейшей модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Секидин, то есть сын или потомок Секиды. Это типичная русская фамилия, распространённая в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской и Ростовской областях, а также на Кубани. Встречается она и на Украине, где могла писаться как Секіда або Секідін.

Есть и менее очевидная версия: в некоторых диалектах «секида» означало «зарубка», «засечка» на дереве, метка. Тогда прозвище мог получить лесник или землемер, ставивший метки на границах участков. В любом случае, род занятий предка был связан с лесом, деревом или обработкой твёрдых материалов.

С точки зрения словообразования, фамилия Секидин стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Топорин, Ножикин, Молоткин — все они указывают на инструмент как на главную характеристику человека. Но в отличие от них, Секидин звучит архаичнее: «секира» — слово древнее, почти былинное, что придаёт фамилии оттенок старины и суровости.

Встречается также вариант написания Секидын (с буквой «ы»), но он редок и, скорее всего, является искажением при записи в документах. Правильная форма — Секидин, с ударением на второй слог.