Фамилия Секли — одна из тех, что ставит исследователя в тупик с первой буквы. В ней нет привычного русского суффикса (-ов, -ин, -ский), который сразу подсказал бы, как её разбирать. Это означает, что перед нами либо очень редкая местная модель, либо, что вероятнее, фамилия не русского, а иноязычного происхождения, которая попала в русский обиход и застыла в форме, не поддающейся славянской морфологии.

Первый и самый очевидный путь — искать корень в тюркских языках. В них «секли» (или «сёкли») — форма глагола со значением «они рубили», «секли». Вряд ли сама фамилия произошла прямо от глагольной формы, но она могла лечь в основу прозвища-оберега или имени по занятию. В тюркской ономастике встречаются имена со значением «острый», «режущий», «меч». Если предок носителя фамилии был воином, палачом или, наоборот, лесорубом, его могли прозвать Секли — «тот, кто сечёт».

Вторая версия ведёт на юг, в греческую среду Причерноморья или Крыма. Греческая фамилия Σέκλης (Секлис) могла быть русифицирована отсечением окончания -с. В этом случае основа восходит к греческому σέκλος (секлос) — «светило», «солнце». Фамилия такого типа могла быть дана как прозвище светловолосому или жизнерадостному человеку, либо быть связана с культовым именем.

Третья, менее вероятная, но возможная гипотеза — связь с литовским или латышским корнем. В балтийских языках есть слово «seklys» — «следопыт», «сыщик», «ищейка». Фамилия Секли могла возникнуть как прозвище охотника или человека с хорошим чутьём, попав в русскую среду через польское или белорусское посредничество.

Спорные версии, вроде связи с еврейской фамилией Секлер (от названия венгерской этнической группы секеев), выглядят натянутыми: слишком разная фонетика и география. Правдоподобнее всего тюркская гипотеза: она объясняет и глагольную форму, и возможную профессиональную основу прозвища. Географически фамилия Секли встречается в рассеянном виде по всей России, но заметна в Краснодарском крае и Крыму — как раз там, где исторически сильны греческое и тюркское влияния.