Фамилия Секмедин — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, а корень не читается через призму восточнославянских прозвищ или профессий. Первое, что бросается в глаза, — это финаль «-дин», которая в русских фамилиях встречается редко и чаще всего указывает на иноязычное происхождение.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В них основа «секмен» (или «секман») могла означать «стражник», «телохранитель» или «воин из особого отряда». В османской традиции, например, секбаны (sekban) были наёмными стрелками или охранниками. При переходе в русскую среду слово могло получить окончание «-ин», которое в русском языке часто обозначает принадлежность: «сын секмена» или «человек из рода Секмеди». Таким образом, фамилия могла закрепиться за потомками служилых людей тюркского происхождения, перешедших на русскую службу.

Вторая гипотеза, менее распространённая, предполагает арабское или персидское влияние. В исламской ономастике встречается имя Секмеддин (вариант Сикмеддин), которое можно разложить на «сикк» (монета, чекан) и «дин» (вера), что даёт значение «чекан веры» или «монета религии». Однако в русских документах такие имена обычно адаптировались в форме Секмеддинов или Сикмеддинов, а не Секмедин. Поэтому версия с тюркским прозвищем выглядит правдоподобнее: она проще объясняет усечение и потерю второго «д» в бытовом произношении.

Географически фамилия привязана к регионам, где исторически был силён тюркский субстрат: Поволжье, Урал, Северный Кавказ, а также южные губернии России. Встречается она и у татар, и у башкир, и у русских, что говорит о давнем смешении культур. Носители фамилии, скорее всего, происходят из среды служилых людей или казачества, где такие прозвища давали по роду занятий или по происхождению.

В современном русском языке фамилия Секмедин склоняется как существительное мужского рода второго склонения (Секмедина, Секмедину), а женский вариант остаётся неизменяемым. Из-за редкости фамилия не попала в масштабные академические словари русских фамилий, но её разбор по тюркской модели даёт наиболее логичное и исторически обоснованное объяснение.