Фамилия Секмедина — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа не имеет прямых аналогов в славянских языках, поэтому искать корни стоит в тюркских наречиях. Наиболее вероятная версия: фамилия восходит к тюркскому мужскому имени или прозвищу Секмед, которое могло означать «неизбранный», «неотобранный» (от глагола «секмек» — выбирать, отбирать). В кочевых обществах такое прозвище могли дать младшему сыну, не получившему наследства, или человеку, которого обошли при выборах на должность. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Секмедина — «дочь или жена Секмеда». То есть первоначально это была форма женской фамилии (отчества), но со временем закрепилась как наследственная.

Модель образования типична для русских фамилий из тюркского корня: основа + -ин. Такие фамилии чаще всего встречаются в Поволжье, на Урале и в южных регионах, где были сильны татарские, башкирские или ногайские влияния. Возможна и другая, менее вероятная трактовка: если корень связан с арабским «сакина» (спокойствие, тишина), то Секмедина могла означать «спокойная», но это потребовало бы сложного переосмысления через тюркское посредничество.

О социальном статусе первых носителей судить сложно. Скорее всего, предки Секмединых принадлежали к служилым татарам или крестьянам-однодворцам, которые в XVI–XVII веках осваивали южные рубежи России. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о её локальном характере — возможно, она сохранилась в одном-двух сёлах или среди потомков переселенцев.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Секменев, Секмедов) показывает, что все они образованы от одной основы, но с разными суффиксами. Секмедина — самая редкая из этого ряда, и её женское окончание (-а) указывает на то, что в документах она могла закрепиться в форме, данной женщине (например, при записи вдовы или дочери).