Фамилия Секундо — довольно редкая для России, и её происхождение напрямую связано с латинским языком и, скорее всего, с католической или униатской традицией. В основе лежит латинское слово «secundus» — «второй». В Древнем Риме это было распространённое личное имя (преномен), которое давали второму сыну в семье. Позже оно перешло в христианский именослов: известно несколько раннехристианских святых с именем Секунд (например, Секунд из Асти).

По способу образования фамилия Секундо — это застывшая форма итальянского или испанского происхождения. В романских языках фамилии на -о часто представляют собой прямую кальку с латинского имени или прозвища. В отличие от русских фамилий, которые обычно образуются с помощью суффиксов (-ов, -ин), здесь мы видим чистую основу без дополнительных формантов. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, вероятно, был выходцем из Южной Европы (Италии, Испании) или имел корни в среде, где были сильны западноевропейские культурные и языковые влияния.

На территории Российской империи фамилия Секундо могла появиться несколькими путями. Во-первых, через переселенцев-итальянцев, которые работали архитекторами, художниками или ремесленниками при дворе и в крупных городах (например, в Одессе, Санкт-Петербурге). Во-вторых, через обрусевших поляков или жителей западных губерний, где католическая традиция была распространена, а латинские имена могли даваться в качестве вторых имён или прозвищ. В-третьих, это мог быть потомок крещёного иностранца, получившего фамилию по имени своего отца-католика.

Стоит отметить, что в русском контексте фамилия не подверглась типичной славянской адаптации — она не обросла суффиксом -ов (не стала Секундов). Это говорит о том, что носители фамилии либо долго сохраняли обособленность, либо фамилия была зафиксирована в документах уже в «иностранном» виде. Географически её можно встретить в местах бытования польских и украинских фамилий, а также в портовых городах. Смысловая нагрузка проста: предок был либо «вторым» в семье (по порядку рождения), либо носил церковное имя в честь святого Секунда.