Фамилия Секун — редкий пример, когда за основу взяли не имя, не профессию, а скорее всего, звукоподражание или прозвище по действию. В русских говорах «секун» — тот, кто сечёт, рубит, бьёт. Прямое значение от глагола «сечь»: человек мог получить такое прозвище за резкость в словах, скорую расправу кулаками или за работу — скажем, лесоруб, мясник, палач. Но есть и вторая, менее очевидная линия.

В украинском и белорусском языках «секун» — это ещё и «секач», нож для рубки капусты или мяса. Тогда фамилия могла закрепиться за ремесленником, который делал такие ножи, или за торговцем, который ими пользовался. Слово образовано напрямую от глагольной основы без типичного русского суффикса -ов/-ев, что указывает на прозвищное происхождение: человека называли по действию или орудию, а потом записали в документы как Секун.

Географически фамилия встречается в основном на юго-западе России, в Беларуси и на Украине. Там же есть однокоренные Секуненко, Секунов, Секунович. Словообразовательная модель простая: чистая основа глагола «сечь» в форме 1-го лица единственного числа — «секу». Это характерно для прозвищ, которые давали по характерному действию: например, Брехун, Крикун, Секун. В ономастических работах Б. Унбегауна подобные фамилии отнесены к группе «прозвищ по действию», где суффикс -ун указывает на деятеля.

Спорных версий немного. Иногда Секун связывают с латинским «secundus» (второй) — якобы фамилия могла прийти из польского через католические семьи. Но это маловероятно: в русской среде латинские корни почти не давали прозвищ, а польская фамилия Sęk (с носовым) пишется и звучит иначе. Основная версия — именно славянская, от «сечь», и она подтверждается живыми диалектами.

Носителей фамилии, известных широкой публике, нет в открытых источниках — это не дворянская и не купеческая фамилия, а крестьянская или мещанская. В сословном смысле Секуны, скорее всего, принадлежали к свободным землепашцам или ремесленникам, которых записывали по прозвищу без изменений. Фамилия не меняла форму ни в XIX, ни в XX веке, что тоже говорит о её позднем и простонародном происхождении.