Фамилия Секуняев — один из тех случаев, когда корень слова не бросается в глаза, а суффикс сразу выдаёт региональное происхождение. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Секун, Секуня. В русских говорах «секун» — человек, который сечёт, то есть рубит, хлещет, понимает толк в чём-то (от глагола «сечь»). Но у этого слова есть и более конкретное, диалектное значение: в северных и сибирских говорах «секун» — это тот, кто сечёт капусту, то есть рубит её для засолки. Такая работа была сезонной, требовала силы и сноровки, и прозвище могли дать либо мастеру по рубке капусты, либо вообще любому, кто работал с топором или тяжёлым ножом.

Вторая версия, менее бытовая, но тоже возможная: Секун — вариант крестильного имени Секунд (от латинского secundus — «второй»). Такие имена в святцах встречались, но в народе их часто переделывали на свой лад, сокращая до Секун или Секуня. Однако в случае с фамилией Секуняев эта гипотеза слабее: форма на -яев скорее указывает на прозвищную, а не на крестильную основу.

Ключевая особенность фамилии — суффикс -яев. Это типично для фамилий, образованных от прозвищ с окончанием на -яй: Секуняй → Секуняев. Такая модель распространена в севернорусских и некоторых поволжских говорах, где -яй выступало как уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный суффикс. То есть Секуняй — это «маленький секун» или «секун, которого так звали свои». Фамилии на -яев встречаются реже, чем на -ов или -ин, и почти всегда несут отпечаток конкретной местности.

По сословной принадлежности предки Секуняевых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Прозвища, связанные с ремеслом или бытовым действием, редко давали дворянам — те чаще получали фамилии от географических названий или церковных имён. Секуняев — фамилия «рабочая», и в этом её ценность: она прямо говорит о занятии предка, пусть и через столетия.

Однокоренных фамилий немного: Секунов, Секушин, Секачев. Все они от одного глагольного корня, но с разными суффиксами, что показывает, как в разных регионах по-своему «обкатывали» одно и то же прозвище. Секуняев — самая редкая из этого ряда, и её носители, скорее всего, ведут род из одной локальной группы, где форма на -яй была в ходу.