Фамилия Секуняева — яркий пример того, как редкая диалектная основа может сохраниться в фамилии, а затем почти исчезнуть из языка, оставив потомкам загадку. В основе лежит прозвище Секуняй. Суффикс -яй характерен для русских прозвищ, образованных от глаголов: он указывает на деятеля, склонного к определённому действию. Сравните: «зевай» (зевака), «гуляй» (гуляка), «ломотяй» (тот, кто ломает). В случае с Секуняй корень «сек-» — от глагола «сечь».

Что могло означать такое прозвище? Самая прямая версия — профессиональная. «Сечь» в крестьянском быту означало рубить капусту, хворост, дрова. Секуняем могли назвать человека, который постоянно рубил, например, дровосека или того, кто занимался заготовкой капусты на зиму. Однако у глагола «сечь» есть и другое значение — «бить, наказывать розгами». В этом случае прозвище могли дать либо строгому, суровому человеку, либо, что реже, тому, кто сам часто получал наказание.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Секуняй добавили притяжательный суффикс -ев (после йот). Секуняев — буквально «сын Секуняя». Окончание -а указывает на женскую форму фамилии, то есть Секуняева — это жена или дочь Секуняева.

География фамилии узкая. Секуняевы — это, скорее всего, выходцы из северных или центральных областей России, где диалектная лексика сохранялась дольше. В современном русском языке слово «секуняй» не употребляется, поэтому фамилия — единственный свидетель того, что такое прозвище когда-то существовало. В отличие от распространённых фамилий на -ов, эта не была массовой: она принадлежала одной или нескольким крестьянским семьям, и её редкость говорит о том, что предки жили компактно, возможно, в одной деревне или волости.