Фамилия Селейкова — это женская форма, мужской вариант — Селейков. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Селей, а суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность: «сын Селея» или «из рода Селеевых». Такая модель образования — одна из самых распространённых в русской ономастике, но сам корень встречается нечасто, что делает фамилию относительно редкой.

Происхождение основы Селей- спорно, и здесь стоит рассмотреть две версии. Первая, более вероятная, связывает её с тюркскими языками. В тюркских наречиях есть слово «селей» или «селе» — «поток», «ручей», «разлив». В переносном смысле так могли назвать быстрого, стремительного человека или того, кто жил у бурной реки. Вторая версия отталкивается от русских диалектов: в некоторых говорах «селей» означало «слизь», «тина» или «грязь» — такое прозвище мог получить неопрятный человек. Однако эта гипотеза слабее: она не объясняет, почему фамилия почти не встречается в центральных регионах России, где такие диалекты были распространены.

География бытования подсказывает, что фамилия Селейков (и Селейкова) чаще всего фиксируется на юге России и в Поволжье — в Волгоградской, Астраханской областях, а также в Татарстане и Башкирии. Это как раз зона активного контакта славянского и тюркского населения, где тюркские прозвища легко переходили в русские фамилии. Интересно, что в тех же краях встречаются однокоренные фамилии Селеев, Селеевский — они образованы от той же основы, но с другими суффиксами, что подтверждает её местное, а не привозное происхождение.

Социальный контекст: в XVIII–XIX веках носители фамилии Селейковы, судя по архивным записям, были в основном государственными крестьянами и однодворцами — сословием, которое сочетал черты крестьян и мелких землевладельцев. Это объясняет, почему фамилия не встречается в дворянских родословных книгах, но вполне устойчиво держится в метрических книгах сёл Нижнего Поволжья.