Фамилия Селунин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не внешность, а географический объект, причём с неочевидным суффиксом. Вопреки ожиданию, корень здесь не «село» и не «сельдь», а гидроним — название реки Селунь (Селуна). Такая река действительно существовала в бассейне Оки, в районе нынешних Калужской и Тульской областей. Человек, живший на её берегах, получал прозвание «Селуня» или «Селун», а его потомки становились Селуниными.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Селуни». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я (ср. Гаврилин, Ильин). Если бы основа оканчивалась на согласный, мы бы увидели -ов (Селунов), но форма на -ин прочно закрепилась именно в варианте Селунин. Встречается также написание Селулин — результат диалектной замены «н» на «л» или простой описки в документах.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с личным именем Селун — краткой формой от Силуан (лат. Silvanus — «лесной»). Однако имя Силуан в народной среде давало формы Силун, Силуня, а не Селун. Переход «и» в «е» возможен под влиянием акающих говоров, но тогда исходная форма должна была звучать как Силунин. Встречается она крайне редко, а Селунин — стабильно через «е», что подтверждает топонимическую гипотезу.

Социальный состав носителей неоднороден. В переписных книгах XVII–XVIII веков Селунины фиксируются среди однодворцев южных уездов (Елецкий, Ливенский) и крестьян центральных губерний. Дворянских родов с этой фамилией не отмечено. Географически фамилия остаётся локальной: основное ядро — Тульская, Калужская, Липецкая области, единичные выселки в Сибирь по столыпинской реформе.

Для этимолога Селунин интересен тем, что сохранил в себе микротопоним, не дошедший до современных карт. Река Селунь заросла или пересохла, а фамилия осталась — единственный след её существования.