Фамилия Селунский — один из тех случаев, когда географическое происхождение почти очевидно, но требует уточнения. Её основа — «Селун» или «Селунь». Чаще всего так на Руси называли греческий город Салоники (историческую Фессалонику). В древнерусских летописях и житиях он фигурирует как «Солунь» (от греческого «Фессалоники»), но в народной речи звучание могло меняться: «Селунь» или «Селун» — вариант, закрепившийся в некоторых говорах и документах. Соответственно, прозвище Селун давали человеку, который имел отношение к этому городу: либо побывал там (паломник, купец, дипломат), либо был выходцем оттуда. Суффикс -ский в фамилии — типичный для польской, украинской и русской знати и духовенства; он указывал на принадлежность к месту или роду. То есть Селунский — буквально «тот, кто из Селуна».

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с названием села или деревни Селун (такие встречались, например, на Смоленщине и в Белоруссии). В этом случае фамилия — чисто топонимическая, по названию места жительства. Однако популярность «солунской» темы на Руси была огромна: братья Кирилл и Мефодий, «солунские учителя», почитались повсеместно. Поэтому прозвище Селун могло возникнуть и в церковной среде — как память о святых или как указание на службу в храме, посвящённом солунским святым.

Словообразовательная модель проста: корень «селун» + суффикс -ск(ий). Это притяжательное прилагательное, перешедшее в фамилию. В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые давались по отцу или хозяину, фамилии на -ский в XVII–XIX веках часто носили дворяне, шляхта, духовенство и мещане. Поэтому носители фамилии Селунский могли принадлежать к разным сословиям, но с большей вероятностью — к образованным или служилым слоям населения, нежели к крестьянам-однодворцам.

Встречается фамилия преимущественно в центральной России, на Украине и в Белоруссии, что подтверждает её связь как с церковной традицией, так и с западнорусскими землями, где топонимы на -ун встречаются чаще. Спорных версий здесь немного: пытаться выводить «Селунский» от редкого личного имени или от слова «село» (через форму «селун») — натяжка, поскольку фонетически такой переход нелогичен. Самое простое и надёжное объяснение — греческий город или его славянское переосмысление.