Фамилия Семайкина образована от имени или прозвища Семайка. Это разговорная, уменьшительно-ласкательная форма крестильного имени Семён (от древнееврейского Шимон — «услышанный Богом»). Модель типична для русского Севера и Поволжья: к основе имени добавляли суффикс -айк-/-ейк- (сравните: Томайка от Том, Ивайка от Иван). Такие формы бытовали в обиходе, а затем закреплялись как фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Семайкина — «дочь или жена Семайки». В русской традиции фамилии на -ин чаще всего возникали от основ на -а/-я, и Семайкина стоит в одном ряду с Пушкиным, Репиным, Кузьминым. В мужском варианте фамилия звучит как Семайкин.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где имя Семён было особенно популярно: Нижегородская, Костромская, Вятская губернии. Встречается и у мордвы-эрзи, где Семайка — один из вариантов адаптации русского имени в иноязычной среде. В словарях фамилия не фиксируется как дворянская или старинная родовая — скорее всего, предки Семайкиных были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по имени отца в XIX веке при массовом закреплении фамилий.

Редкость фамилии в том, что она сохранила живую народную форму, не перейдя в стандартный вариант Семёнов. Это говорит о том, что прозвище Семайка крепко держалось в семье — возможно, из-за того, что носитель был младшим или любимым сыном, которого звали именно так, а не полным именем.