Фамилия Самайкина — редкий случай, когда имя-основа почти не встречается в современных документах, но зато чётко указывает на географию. В основе лежит прозвище или некалендарное имя Самайка. Это уменьшительная форма от «Самай» — а Самай, скорее всего, вариант крестильного имени Самуил. В народной речи «Самуил» превращалось в «Самойло», «Самойла», а затем и в «Самай» — через аканье, характерное для южнорусских и среднерусских говоров. Уменьшительный суффикс -к- дал Самайку, а фамильный суффикс -ин закрепил принадлежность: «чей?» — Самайкин, то есть сын, потомок Самайки.

Фамилия Самайкина — женская форма; мужской вариант — Самайкин. По модели образования она типична для русского Севера и Поволжья, где -ин активно крепился к основам на -а/-я. Если сравнивать с более частыми фамилиями — Самойлов, Самуйлов, — то Самайкин стоит особняком: он не от полного церковного имени, а от бытового, уличного прозвища. Это говорит о том, что предок носителя фамилии вряд ли принадлежал к высшему сословию — скорее к крестьянам или посадским людям, где имя в обиходе упрощали до неузнаваемости.

Есть и другая, менее правдоподобная версия: от тюркского корня «самай» — так в некоторых тюркских языках называют шамана или колдуна. Но против неё говорит суффикс -к-: в русских фамилиях от тюркских основ обычно появляется -ов/-ев (Самаев, Саматов), а не -ин. К тому же Самайка звучит по-русски ласкательно, а не как заимствование. Поэтому версия с Самуилом — основная.

В документах фамилия встречается крайне редко. Основной ареал — Нижегородская область, отдельные записи есть в Мордовии и Чувашии. Это косвенно подтверждает связь с Поволжьем, где русские фамилии на -ин особенно распространены, а имя Самуил в народных формах было обычным делом. Если ваши предки — Самайкины, скорее всего, они происходят из крестьянской среды центральной России или Поволжья, и фамилия закрепилась за ними не позднее XVII–XVIII веков, когда массово оформлялись русские родовые прозвания.