Фамилия Семенога — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с именем, а с внешностью или походкой. Если не вдаваться в детали, можно ошибочно принять её за производную от имени Семён (через форму Семенога, где -ога — суффикс, как в «босота» или «сирота»). Однако в русской ономастике такой словообразовательный тип для имён нехарактерен. Гораздо логичнее разбить фамилию на две части: «семен» и «нога».

Первая часть — «семен» — в диалектах могла означать «семя», «росток», но в прозвищах чаще работала в переносном смысле: «семенящий», то есть человек, который ходит мелкими, частыми шагами. Отсюда и глагол «семенить». Вторая часть — «нога» — прямо указывает на объект, к которому относилась характеристика. Итоговое прозвище Семенога, скорее всего, закрепилось за человеком с характерной, семенящей походкой. Это объяснение подтверждается и тем, что в русских говорах встречаются аналогичные модели: например, Косоног (кривые ноги), Сухоног (худой, больной ногами). Фамилия Семенога — того же ряда, только с другим корнем.

Суффикс -а в конце фамилии — типичное окончание прозвищной формы, которое впоследствии застыло в роли фамилии без дополнительных патронимических суффиксов (-ов, -ин). Такие «голые» формы в виде чистой основы встречаются в основном в украинской и южнорусской традиции, что даёт нам географическую привязку: фамилия Семенога наиболее вероятна для выходцев из Черниговской, Полтавской или соседних губерний, где прозвища нередко переходили в фамилии без изменений.

В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не фиксируется — это указывает на её локальный характер и возможное позднее оформление (вторая половина XIX века). Носители Семеноги, скорее всего, были крестьянами или казаками, получившими фамилию по уличному прозвищу, которое подчёркивало их манеру ходьбы. Других версий, например, от тюркского или финно-угорского корня, нет — основа прозрачно славянская, и спорить здесь не о чем.