Фамилия Семерунина образована от прозвища, корень которого — «семеро». В русской ономастике это типичная «семейная» фамилия, указывающая на отца, главу большого дома. Скорее всего, Семеруном в старину называли человека, у которого было семеро детей. В крестьянской среде, где многодетность была нормой, такое прозвище давали не столько в насмешку, сколько для точной идентификации — «вон идет Семерун, отец семерых».

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Семерунин — это «сын Семеруна» или «вдова Семеруна». В русских фамилиях этот суффикс присоединяется к основам на -а, -я, а также к прозвищам, оканчивающимся на твердый согласный (Семерун → Семерунин). Модель образования простая и архаичная, характерная для северных и центральных губерний России.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с числительным «семь» в значении меры или количества. Например, Семеруном могли прозвать того, кто работал за семерых, или, напротив, был медлителен («семь потов сошло»). Однако в народной традиции прозвища по числу детей встречаются гораздо чаще, чем прозвища по качеству труда.

Фамилия редкая. Её географическое бытование, судя по разрозненным данным, тяготеет к Вологодской и Архангельской областям — регионам, где сохранялись старые формы на -ун (говорун, бегун, Семерун). В южных и западных областях России такая модель почти не встречается.

Однокоренные фамилии — Семериков, Семерин, Семернин — образованы от той же основы, но с другими суффиксами. Семерунина стоит в этом ряду особняком: суффикс -ун придает прозвищу оттенок ласкательности или просторечия, что редко для официальных фамилий. Возможно, первоначально это было уличное прозвище, которое позже закрепилось в документах.

Сословной принадлежности у фамилии нет — её могли носить и крестьяне, и мещане. В дворянских родословных она не зафиксирована.