Фамилия Семиськова хранит в себе редкую словообразовательную деталь, которая сразу выделяет её среди множества русских фамилий на -ов и -ин. В её основе лежит мужская форма Семиськов, а та, в свою очередь, образована от имени или прозвища Семисько. Суффикс -к-о здесь — уменьшительно-ласкательный, характерный для украинской, белорусской и южнорусской традиции: так превращали полное имя в домашнее, обиходное. Исходное имя — Семён, древнееврейское Симеон, что значит «услышанный Богом». Таким образом, Семисько — это «маленький Семён» или «Семён, которого ласково называют дома».

Главная особенность фамилии — суффикс -ов-, присоединённый к форме на -ко. В русской ономастике такие фамилии часто возникали в среде, где говорили на смеси языков или диалектов: на границе Великороссии и Малороссии, в казачьих областях, в Слобожанщине. Носитель фамилии Семиськов — это, скорее всего, потомок человека, которого в документах записали по отцу: «чей?» — Семиськов, то есть сын Семиська. Женская форма Семиськова, соответственно, означает «жена или дочь Семиськова».

Географически фамилия редкая и тяготеет к южным и западным регионам России, а также к востоку Украины. В центральных и северных областях России её почти не встретишь: там предпочитали модели Семёнов или Семин. Наличие суффикса -ск- в окончании (Семиськов, а не Семиськин) указывает на то, что фамилия оформлялась уже в эпоху, когда притяжательные суффиксы -ов/-ев стали стандартом для русских фамилий, — примерно в XVII–XVIII веках. Если бы фамилия возникла раньше, она могла бы закрепиться как Семиськин, по аналогии с Федькин или Петькин.

Версия, что основа Семисько могла быть прозвищем, а не производным от имени, маловероятна: прозвищ от «семь» или «семенить» с таким суффиксом в источниках не зафиксировано. Надёжнее считать фамилию патронимической, то есть образованной от имени предка. Фамилия недворянская, её носители — скорее всего, крестьяне или казаки, поскольку фамилии на -ов от уменьшительных имён в высших сословиях почти не встречались: там предпочитали полные формы (Семёнов) или фамилии на -ский от географических названий.