Фамилия Семунин образована от имени или прозвища, в основе которого лежит одна из форм имени Семён. Это краткий ответ, а теперь разберёмся детальнее.

Имя Семён — русская форма древнееврейского имени Симеон, означающего «услышанный Богом». В быту имя быстро обрастало уменьшительными и просторечными вариантами: Сёма, Семка, Семушка. От них и пошли фамилии: Сёмин, Семушкин, Семкин. Семунин стоит в этом же ряду, но образован от особой производной формы — Семуня.

Суффикс -ун- в русских именах (Семуня, Митюня, Ванюня) придавал оттенок ласкательности или просторечности. Так могли называть ребёнка, младшего в семье, или человека, к которому относились с теплотой. Фамилия Семунин закрепилась через патронимический суффикс -ин, то есть буквально означала «сын Семуни».

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где была распространена модель образования фамилий через -ин от имён на -я. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном бытовании: скорее всего, предки-носители жили в одной местности, и фамилия не разошлась широко.

В отличие от массовых Сёминых, Семунины сохранили редкий след старой словообразовательной модели. Если ваш предок носил эту фамилию, он был из семьи, где имя Семён произносили по-домашнему — Семуня. Это не указывает на сословие или ремесло, зато говорит о бытовой языковой среде: фамилия родилась не в канцелярии, а в живом деревенском говоре.